教育棟は、入り口にある受付のある建物で、ここでは植物の多様性とはなにか、いかに重要かをパネルで解説し、植物園の役割やあり方を発信しています。さらに、四季折々に変化する植物の旬を提供する展示、今まさに見頃の植物の写真、植物園がおすすめするベスト3植物の紹介を行っています。植物写真アルバムや図鑑を備えた図書コーナーもあります。
土日には、ご要望に応じてボランティアが園案内を行っていますので、お気軽にお声をおかけ下さい。 ミュージアムショップ、飲み物自販機、車椅子用トイレがあります。 周辺には、ヒマラヤスギ、タイワンフウ、シナノキなどが見られます。

植物多様性の不思議、人間との関わり、植物を守るための植物園の活動を紹介していきます。パネルや映像の他、触ったり、においを嗅いだりできる展示、パズルがあり、植物の多様性について楽しく学ぶことができます。

※企画展の時には常設展示がご覧になれないことがあります。

※2F3Fの廊下は、お食事ができる休憩スペースになっています。

話題の植物の展示や企画展の開催など幅広い目的で使用されています。

絶滅危惧植物は，植物の多様性が失われつつあることの象徴ともいえます。日本では約4種類に1種類が絶滅危惧植物に指定され，いかに多くの日本の植物が危機的な状況にあるかを知っていただくため，貴重な絶滅危惧植物を系統維持しながら多数植栽しています。

国立科学博物館の標本収蔵の状況をガラス越しに見ることができます。また国立科学博物館の標本収蔵や研究活動についても映像で紹介されています。